Le prime notizie storicamente documentate risalgono al 969 d.C., quando nell'attuale territorio comunale si stanziarono popolazioni provenienti dalla Puglia; la presenza di resti romani attesta comunque che il comprensorio valtopinese era popolato già nell'antichità. Nel 1282 entrò a far parte dei domini di Assisi e nel 1383 venne assegnata dal pontefice Urbano VI alla famiglia Trinci di Foligno; con la caduta dei Trinci, nel 1439, passò sotto il dominio diretto della Santa Sede, godendo, almeno per un certo periodo, di grande autonomia. Alla fine del Settecento conobbe la dominazione francese e, nel 1849, quella della Repubblica Romana. Fino a tutto il secolo XVI si è chiamata Querce, dalla voce dialettale "cerqua", 'quercia'. Il patrimonio storico-architettonico annovera i ruderi di diversi castelli medievali; in vari punti del territorio comunale, inoltre, si trovano rovine di epoca romana.

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